Бухгалтерияның негізгі функциялары :

• есептеу-есептеу жұмыстарын барынша орталықтандыру және қазіргі заманғы техникалық құралдар мен ақпараттық технологияларды, есеп пен бақылаудың прогрессивті нысандары мен әдістерін қолдану негізінде университетте және оның бөлімшелерінде бухгалтерлік есеп пен есептілікті ұйымдастыру;
• бастапқы құжаттар негізінде дұрыс бухгалтерлік есепті жасау және оны белгіленген мерзімде ҚР Білім және ғылым министрлігіне ұсыну;
• университет қызметінің құрылымы мен ерекшеліктеріне және оның қаржылық тұрақтылығын қамтамасыз ету қажеттілігіне қарай бухгалтерлік есеп туралы заңнамаға сәйкес есеп саясатын қалыптастыру;
• типтік Нысандар қарастырылмаған шаруашылық операцияларды ресімдеу үшін қолданылатын бастапқы есеп құжаттарының нысандарын, шоттардың жұмыс жоспарын дайындау және қабылдау бойынша жұмыс;
• қаржылық және кассалық тәртіпті, бухгалтерлік есеп шоттарынан жетіспеушіліктерді, дебиторлық берешектерді және басқа да шығындарды есептен шығару заңдылығын, бухгалтерлік құжаттардың сақталуын, оларды белгіленген тәртіппен мұрағатқа ресімдеу және тапсыру ережесін сақтау;
• экономикалық классификация баптары бойынша университеттің Қаржы-шаруашылық қызметінің жоспарын орындау;
• жылдық, тоқсандық бухгалтерлік есептілікті және қаражаттың кірістері мен шығыстары туралы жедел жиынтық есептерді, басқа бухгалтерлік және статистикалық есептілікті жасау, оларды белгіленген тәртіппен тиісті органдарға ұсыну;
• еңбекақы төлеу қорының жұмсалуын бақылауды жүзеге асыру;
• университеттің қызметкерлеріне жалақы және студенттерге, аспиранттарға және докторанттарға стипендияларды есептеу және төлеуді жүзеге асыру;
• университеттің Қаржы-шаруашылық қызметінің жоспарына сәйкес университеттің ақылы білім беру қызметін көрсетуден түскен кірістер мен шығыстарды және шығыстардың мақсатты баптарын есепке алу;
• университеттің ғылыми-зерттеу қызметі мен тәжірибелік-конструкторлық жұмыстарынан түскен кірістер мен шығыстарды және университеттің Қаржы-шаруашылық қызметінің жоспарына сәйкес шығыстардың мақсатты баптарын есепке алу;
• университеттің Қаржы-шаруашылық қызметі бойынша жоспарға сәйкес университет қызметінің кірісі мен шығысының мақсатты баптарын есепке алу;
• түгендеу жүргізу тәртібін қамтамасыз ету;
• негізгі құралдар мен материалдық активтерді есептен шығаруды ұйымдастыру;
• бастапқы құжаттар негізінде дұрыс салық есептілігін жасау және оны белгіленген мерзімде ұсыну;
• салық тіркелімдерін жасау және салыстыру.